合同的主要内容应当还是双方意思表示一致的结果，体现在纸面上的内容应当是双方谈判的结果，关于最终的知识产权的约定，也应当依据谈判内容在合同中写清楚，以免日后出现纠纷。如果当事人没有特别的约定，应遵循《合同法》中“坚持权利与义务一致，保障技术开发各方的权益平衡”的原则。合同的措辞一旦出现模糊，对于将来在履行过程中出现纠纷的解决是很不利的。
曾经遇到一个案例，科研院所将一个大项目转让给一家公司，履约过程中这家公司在支付了第一笔费用之后就不见了踪影，后来拿到临床批件需要做临床试验了，这家公司却迟迟不打第二笔用于临床的费用过来，严重影响了合同的履行，后来了解到，对方公司将主要业务投向房地产了所以无法支付临床费用，最后经协商一致，双方同意解除原合同，但是对于第一笔费用退回与否存在争议。
因为这第一笔费用数额比较巨大且支付该笔费用后公司没有得到实际的利益，因此这家公司想要科研院所退还全部或部分费用，但是合同中明确约定：第一笔款项为风险投资，概不退还。所以，最终科研院所无需退还该笔费用，从而有效地保护了自己的权益。如果没有合同中的这项约定，合同解除后还是有退款的可能性的。
因此，在可能的情况下，明确合同中对违约责任以及知识产权等相关条款的约定，因为对于一份技术合同来说，重要的就是技术的内容以及怎样保护这项技术活动。明确的措辞更加有利于合同的履行以后后期出现纠纷后的实际解决。
有的科研人员说和对方关系很好，合同履行中不会出现纠纷，可是现在是市场经济，不出现纠纷当然是最好的，但是一旦合作的内容与市场和利益挂钩就很可能出现纠纷，特别是在合同条款约定不明确的情况下。所以，订立合同以及审核合同的一个重要目的就是防患于未然。
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