国发64号文件明确要求，聚焦国家重大战略任务，遵循研发和创新活动的规律和特点，将国家重点基础研究发展计划、国家高技术研究发展计划、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项、产业技术研究与开发资金、公益性行业科研专项等，整合形成国家重点研发计划。
国家重点研发计划面向事关国计民生需要长期演进的重大社会公益性研究，以及事关产业核心竞争力、整体自主创新能力和国家安全的重大科学问题、重大共性关键技术和产品、重大国际科技合作，按照重点专项的方式组织实施，加强跨部门、跨行业、跨区域研发布局和协同创新，为国民经济和社会发展主要领域提供持续性的支撑和引领。
重点专项是国家重点研发计划组织实施的载体，是聚焦国家重大战略任务、围绕解决当前国家发展面临的瓶颈和突出问题、以目标为导向的重大项目群。重点专项要针对不同研发任务的特点和规律进行全链条创新设计，一体化组织实施；要目标具体、边界清晰、周期明确；要强化项目、人才与基地建设的统筹。
科技部、财政部正在根据国发64号文件精神，研究制定国家重点研发计划管理办法和经费管理办法。初步考虑，管理流程将包括：
----面向各部门（行业）、各地方及有关单位征集重点研发任务建议；
