联席会议制度（决策权）,专业机构、战略咨询与综合评审委员会（执行权），评估和监管机制（监督权）。
联席会议制度由科技行政主管部门牵头，财政、发展改革等相关部门参加，形成统筹协调与决策机制：绕国家科技发展重大战略任务、行业和区域发展需要，研究凝练形成科研任务需求，产生的科技成果在行业和区域内应用示范。其次是共同审议科技发展战略规划、科技计划（专项、基金等）的布局与设置、重点任务和指南、战略咨询与综合评审委员会的组成、专业机构的遴选择优等事项。
科技计划（专项、基金等）的实施绩效监督检查。具体举措包括：完善科研信用体系建设和“黑名单”制度，建立对主管部门和专业机构工作人员的责任倒查机制，开展“一案双查”，即在查处追究有关承担单位和个人责任的同时，倒查主管部门和专业机构是否存在管理漏洞，是否有工作人员在项目管理中存在渎职或以权谋私等行为；各有关主管部门要负起责任，对所属单位承担科技计划（专项、基金等）任务的执行情况和资金使用情况加强日常监管；加强对科技计划（专项、基金等）财政资金管理使用的审计监督，对发现的违规违法行为严肃查处，并将查处结果向社会公开。
对中央财政科技计划（专项、基金等）的需求征集、指南发布、项目申报、立项和预算安排、监督检查、结题验收等全过程进行信息管理，并按相关规定主动向社会公开信息，接受公众监督，让资金在阳光下运行。分散在各相关部门、尚未纳入国家科技管理信息系统的项目信息要尽快纳入，已结题的项目要及时纳入统一的国家科技报告系统。不纳入国家科技管理信息系统和国家科技报告系统并向社会公开的，中央财政将不予以资助。
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