（二）超过500万元至1000万元的部分为13%；
（三）超过1000万元的部分为10%。
绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
间接费用核定应当与依托单位信用等级挂钩，具体管理规定另行制定。
第十二条 间接费用由依托单位统一管理使用。依托单位应当制定间接费用的管理办法，合规合理使用间接费用, 结合一线科研人员的实绩，公开、公正安排绩效支出,体现科研人员价值，充分发挥绩效支出的激励作用。依托单位不得在核定的间接费用以外再以任何名义在项目资金中重复提取、列支相关费用。
第三章 预算的编制与审批
第十三条 项目负责人（或申请人）应当根据目标相关性、政策相符性和经济合理性原则，编制项目收入预算和支出预算。
收入预算应当按照从各种不同渠道获得的资金总额填列。包括国家自然科学基金资助的资金以及从依托单位和其他渠道获得的资金。
支出预算应当根据项目需求，按照资金开支范围编列，并对直接费用支出的主要用途和测算理由等作出说明。对仪器设备鼓励共享、试制、租赁以及对现有仪器设备进行升级改造，原则上不得购置，确有必要购置的，应当对拟购置设备的必要性、现有同样设备的利用情况以及购置设备的开放共享方案等进行单独说明。合作研究经费应当对合作研究单位资质及拟外拨资金进行重点说明。
第十四条 依托单位应当组织其科研和财务管理部门对项目预算进行审核。
有多个单位共同承担一个项目的，依托单位的项目负责人（或申请人）和合作研究单位参与者应当根据各自承担的研究任务分别编报资金预算，经所在单位科研、财务部门审核并签署意见后，由项目负责人（或申请人）汇总编制。
第十五条 申请人申请国家自然科学基金项目，应当按照本办法第八、九、十、十一条的规定编制项目资金预算，经依托单位审核后提交自然科学基金委。
第十六条 对于实行定额补助方式资助的项目，自然科学基金委组织专家对项目和资金预算进行评审,根据专家评审意见并参考同类项目平均资助强度确定项目资助额度。
对于实行成本补偿方式资助的项目，自然科学基金委组织专家或择优遴选第三方对项目资金预算进行专项评审,根据项目实际需求确定预算。
第十七条 依托单位应当组织项目负责人根据批准的项目资助额度，按规定调整项目预算，并在收到资助通知之日起20日内完成审核，报自然科学基金委核准。
第四章 预算执行与决算
第十八条 项目资金按照国库集中支付管理有关规定支付给依托单位。
有多个单位共同承担一个项目的，依托单位应当及时按预算和合同转拨合作研究单位资金，并加强对转拨资金的监督管理。
第十九条 项目负责人应当严格执行自然科学基金委核准的项目预算。项目预算一般不予调整，确有必要调整的，应当按照规定报批。
实行定额补助方式资助的项目，预算调整情况应当在项目年度进展报告和结题报告中予以说明。实行成本补偿方式资助的项目，预算调整情况应当在中期财务检查或财务验收时予以确认。
第二十条 项目预算有以下情况确需调整的，应当经依托单位报自然科学基金委审批。
（一）项目实施过程中，由于研究内容或者研究计划做出重大调整等原因需要对预算总额进行调整的；
（二）同一项目课题之间资金需要调整的。
第二十一条 项目直接费用预算确需调整的，按以下规定予以调整：
（一）项目预算总额不变的情况下，材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、其他支出预算如需调整，由项目负责人根据科研活动的实际需要提出申请，报依托单位审批。
（二）会议费、差旅费、国际合作与交流费在不突破三项支出预算总额的前提下可调剂使用。
（三）设备费、专家咨询费、劳务费预算一般不予调增，如需调减的，由项目负责人提出申请，报依托单位审批后，用于项目其他方面支出。
项目间接费用预算不得调整。
第二十二条 依托单位应当严格执行国家有关科研资金支出管理制度。会议费、差旅费、小额材料费和测试化验加工费等，应当按规定实行“公务卡”结算。设备费、大宗材料费和测试化验加工费、劳务费、专家咨询费等，原则上应当通过银行转账方式结算。
第二十三条 项目负责人应当严格按照资金开支范围和标准办理支出，不得擅自调整外拨资金，不得利用虚假票据套取资金，不得通过编造虚假劳务合同、虚构人员名单等方式虚报冒领劳务费和专家咨询费，不得通过虚构测试化验内容、提高测试化验支出标准等方式违规开支测试化验加工费，严禁使用项目资金支付各种罚款、捐款、赞助、投资等。
