第二十四条 对于实行成本补偿方式资助的项目，项目中期评估时，由自然科学基金委组织专家对项目资金的使用和管理进行财务检查或评估。财务检查或评估的结果作为调整项目预算安排的依据。
第二十五条 项目研究结束后，项目负责人应当会同科研、财务、资产等管理部门及时清理账目与资产，如实编制项目资金决算，不得随意调账变动支出、随意修改记账凭证。
有多个单位共同承担一个项目的，依托单位的项目负责人和合作研究单位的参与者应当分别编报项目资金决算，经所在单位科研、财务管理部门审核并签署意见后，由依托单位项目负责人汇总编制。
依托单位应当组织其科研、财务管理部门审核项目资金决算，并签署意见后报自然科学基金委。
第二十六条 对于实行成本补偿方式资助的项目，依托单位应当在委托第三方对项目资金决算进行审计认证后，提出财务验收申请，自然科学基金委负责组织专家对项目进行财务验收。
第二十七条 依托单位应当按年度编制本单位项目资金年度收支报告，全面反映项目资金年度收支情况、资金管理情况及取得的绩效等。年度收支报告于下一年度３月１日前报送自然科学基金委。
第二十八条 项目通过结题验收并且依托单位信用评价好的，项目结余资金在2年内由依托单位统筹安排，专门用于基础研究的直接支出。若2年后结余资金仍有剩余的，应当按原渠道退回自然科学基金委。
未通过结题验收和整改后通过结题验收的项目，或依托单位信用评价差的，结余资金应当在验收结论下达后30日内按原渠道退回自然科学基金委。
项目负责人在项目结题验收后如需继续使用结余资金，可以向依托单位提出申请。
第二十九条 项目实施过程中，因故终止执行的项目，其结余资金应当退回自然科学基金委。
因故被依法撤销的项目，已拨付的资金应当全部退回自然科学基金委。因特殊情况退回资金确有困难的，应当由依托单位提出申请报自然科学基金委核准。
第三十条 依托单位应当严格执行国家有关政府采购、招投标、资产管理等规定。行政事业单位使用项目资金形成的固定资产属于国有资产，一般由依托单位进行使用和管理，国家有权进行调配。企业使用项目资金形成的固定资产，按照《企业财务通则》等相关规章制度执行。
项目资金形成的知识产权等无形资产的管理，按照国家有关规定执行。
第五章 监督检查
第三十一条 依托单位项目资金管理和使用情况应当接受国家财政部门、审计部门和自然科学基金委的检查与监督。依托单位和项目负责人应当积极配合并提供有关资料。
依托单位应当对项目资金的管理使用情况进行不定期审计或专项审计。发现问题的，应当及时向自然科学基金委报告。
第三十二条 自然科学基金委、依托单位应当建立项目资金的绩效管理制度，结合财务审计和财务验收，对项目资金管理使用效益进行绩效评价。
第三十三条 项目资金管理建立承诺机制。依托单位应当承诺依法履行项目资金管理的职责。项目负责人应当承诺提供真实的项目信息，并认真遵守项目资金管理的有关规定。依托单位和项目负责人对信息虚假导致的后果承担责任。
第三十四条 项目资金管理建立信用管理机制。自然科学基金委对依托单位和项目负责人在项目资金管理方面的信誉度进行评价和记录，作为对依托单位信用评级、绩效考评和对项目负责人绩效考评以及连续资助的依据。
第三十五条 项目资金管理建立信息公开机制。自然科学基金委应当及时公开非涉密项目预算安排情况，接受社会监督。
依托单位应当在单位内部公开项目资金预算、预算调整、决算、项目组人员构成、设备购置、外拨资金、劳务费发放以及结余资金和间接费用使用等情况。
第三十六条 任何单位和个人发现项目资金在使用和管理过程中有违规行为的，有权检举或者控告。
第三十七条 对于预算执行过程中，不按规定管理和使用项目资金、不按时报送年度收支报告、不按时编报项目决算、不按规定进行会计核算，截留、挪用、侵占项目资金的依托单位和项目负责人，按照《预算法》、《国家自然科学基金条例》和《财政违法行为处罚处分条例》等法律法规处理。涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
第六章 附 则
第三十八条 本办法由财政部、自然科学基金委负责解释。
第三十九条 本办法自2015年4月15日起施行。国家杰出青年科学基金项目资金管理依照本办法执行。2002年6月颁布的《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》（财教〔2002〕65号）和《国家杰出青年科学基金项目资助经费管理办法》（财教〔2002〕64号）同时废止。
